"Tarih öncesi" anlamına gelen Prehistorya, insan soyunun insanlaşma sürecine girişinden, yerleşik yaşama geçmesine kadar geçen süreyi inceler. Bu süre, insanlık tarihi sürecinin %99’undan fazla bir bölümünü kapsamaktadır. Prehistorya, bu zaman dilimi içindeki avcı-toplayıcı insanı ve onun yaşam biçimine ilişkin tüm kalıntıları, içinde yaşadığı doğal çevreyi araştırmakta, kazılarla ortaya çıkan buluntuları kronolojik (zaman akımı) bir düzen içinde incelemektedir.

Prehistorya ya da diğer bir deyimle Prehistorik Arkeoloji, taş çağları boyunca insana dair maddi ve manevi tüm gelişmeleri araştıran bilim dalıdır. Prehistorya’nın bilimsel araştırma sistematiği, kazılar ve yüzey araştırmaları ile karşılaştırmalı çalışmalar yoluyla varsayımsal tümevarım ya da varsayımsal tümdengelim yöntemlerinin kurgulanmasına dayanır. Faydalandığı yardımcı bilim dalları arasında; zooarkeoloji, paleobotani, palinoloji, klimatoloji, sedimantoloji, stratigrafi, jeoloji, paleoantropoloji, ekoloji, tarihlendirme yöntemleri, kronoloji, etnoloji, ekonomi, arkeometri gibi alanlar sayılabilir. Prehistorik Arkeoloji’nin çalışma alanları açısından; yontmataş, sürtmetaş, kemik, boynuz ve ahşap aletlerin tekno-tipolojileri ile sanat, süslenme objeleri ve ikonografi yanında prehistorik yerleşim biçimleri, prehistorik yaşam ve inanç sistemleri, ölü gömme adetleri, prehistorik ekonomi, demografi ve doğal çevre, buzullar, kronoloji ve stratigrafi, prehistorik insan davranışları ve göç yolları gibi konular temel ilgi alanlarındandır.

Protohistorya ve Önasya Arkeolojisi insanlık tarihinde tarımın başladığı ve ilk yerleşik yaşamın ortaya çıktığı dönem olan Neolitik Çağ’dan (yaklaşık olarak M.Ö. 10.000 ortaları) başlayarak sırasıyla Kalkolitik Çağ (M.Ö. 5.000-3.000), Tunç Çağları (M.Ö. 3.000-1.200) ve Demir Devri (M.Ö. 1.000-500) sonuna kadar olan zaman diliminde başta Anadolu olmak üzere tüm Önasya’ya (Kıta Yunanistan ve Ege Adaları, Girit, Kıbrıs, Balkanlar, Kafkasya, İran, Mezopotamya, Suriye, Filistin, Mısır) yayılan kültürleri ve uygarlıkları incelemektedir. İnsanlık tarihinin en önemli süreçlerinden olan yerleşik yaşama geçiş ve yazının bulunmasıyla ilk tarih çağlarına geçiş anabilim dalının kapsadığı tarihsel süreç içinde bulunmaktadır. Derslerde verilen kültür tarihi yanında, görsel malzeme eşliğinde konular ayrıntılı bir şekilde incelenmektedir.
Protohistorya ve Önasya Arkeolojisi konusunda lisans eğitimini tamamlamış öğrenciler lisansüstü düzeyinde Master ve Doktora programlarına başvurabilirler ve uzmanlaşma yönünde eğitimlerine devam edebilirler.
 Öğrenciler devam mecburiyeti olan teorik dersler yanında Anabilim Dalı öğretim üyeleri tarafından yürütülmekte olan çeşitli dönemlere ait kazı ve araştırmalara (Acemhöyük - Aksaray (Prof. Dr. Aliye Öztan), Köşkhöyük – Niğde (Prof. Dr. Aliye Öztan), Kültepe – Kanes – Kayseri (Prof. Dr. Fikri Kulakoğlu), Resuloğlu Erken Tunç Çağı Mezarlığı – Sungurlu/Çorum (Prof. Dr. Tayfun Yıldırım), Eskiyapar Höyüğü – Sungurlu/Çorum (Doç. Dr. Tunç Sipahi), Alaca Höyük – Çorum (Prof. Dr. Aykut Çınaroğlu), Liman Tepe – Urla/İzmir (Prof. Dr. Hayat Erkanal) ve Bağlararası – Çeşme/İzmir (Doç. Dr. Vasıf Şahoğlu) ile Kayseri (Prof. Dr. Fikri Kulakoğlu) ve Çorum (Prof. Dr. Tayfun Yıldırım- Doç. Dr. Tunç Sipahi) yüzey araştırmaları) katılarak, aldıkları eğitimi pratik anlamda destekleme olanağına da sahiptirler. Bilim Dalımız tarafından yürütülen kazı ve araştırmalarla mimari, ölü gömme adetleri ve küçük buluntularla belgelenen maddi kültür kalıntılarının ortaya koyduğu sonuçlar, Önasya uygarlıklarına ve kültürlerine önemli katkılarda bulunmaktadır.
Öğrenciler, ders ve araştırmaları ile ilgili çalışmalarında Fakülte kütüphanesinin yanında Bilkent Üniversitesi, Türk Tarih Kurumu, İngiliz ve Amerikan Arkeoloji Enstitülerine ait kütüphanelerden de yararlanma olanaklarına sahiptir.